تم تأسيس كلية العلوم عام 1991م، وهو نفس التاريخ الذي تم فيه نقل جامعة ناصر (سابقاً) إلى مدينة الخمس بعد أن عملت في مدينة طرابلس مدة خمسة أعوام متتالية من 1986م إلى 1991م وبقرار من أمين اللجنة الشعبية العامة للتعليم العالي (سابقاً) رقم 258 لسنة 1991م، تم تشكيل لجنة إدارية للجامعة، وفي 2004 م أصدرت اللجنة الشعبية العامة للتعليم العالي (سابقاً) قراراً بشأن إعادة هيكلية جامعة ناصر، وبعدها تم تعديل الإسم من جامعة ناصر إلى جامعة المرقب بالقرار رقم (77) الصادرعن أمانة اللجنة الشعبية العامة في 2009م.

كلية العلوم تنتهج النظام الفصلي في جميع أقسامها العشرة (الكيمياء، الفيزياء، النبات، الحيوان، الأحياء الدقيقة، الأحياء المائية، الرياضيات، الحاسوب، الإحصاء، علوم الأرض، وقسم البيئة).

ولها رؤية واضحة ورسالة سامية تحافظ عليها وأهدافها محددة ومعلنة. مدة الدراسة في الكلية أربعة سنوات مقسّمة على ثمانية فصول دراسية تشتمل على دراسات نظرية، عملية وحقلية في بعض الأقسام.