تم تأسيس كلية العلوم عام 1991م، وهو نفس التاريخ الذي تم فيه نقل جامعة ناصر (سابقاً) إلى مدينة الخمس بعد أن عملت في مدينة طرابلس مدة خمسة أعوام متتالية من 1986م إلى 1991م، وبعدها تم تعديل الإسم من جامعة ناصر إلى جامعة المرقب في 2009م.
يقع مبنى الكلية غرب مدينة الخمس عند خط طول 14.2460 شرقاً، 32.6450 شمالاً، وهي وتبعد مسافة 120 كيلومتر عن مدينة طرابلس.
كلية العلوم تنتهج النظام الفصلي في جميع أقسامها العشرة (الكيمياء، الفيزياء، النبات، الحيوان، الأحياء الدقيقة، الأحياء المائية، الرياضيات، الحاسوب، الإحصاء، علوم الأرض، وقسم البيئة).
ولها رؤية واضحة ورسالة سامية تحافظ عليها وأهدافها محددة ومعلنة. مدة الدراسة في الكلية أربعة سنوات مقسّمة على ثمانية فصول دراسية تشتمل على دراسات نظرية، عملية وحقلية في بعض الأقسام.